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文献解读G影学堂FGB
  • Nucleic Acids Research|华农动物遗传育种团队发布动物跨物种多组学知识库IAnimal

    该研究发布了国际规模最大的动物跨物种多组学知识库,对猪、鼠、鸡、狗等21个物种的WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq等生物多维组学数据以及文献组数据进行了统一清洗和分析,提供了灵活的数据API接口和便捷的数据挖掘工具,极大的提升了公共组学大数据的复用性,为大数据驱动的动物智能育种奠定了基础。

    2022年10月28日
  • Science|蝴蝶翅膀图案绚丽多彩?竟是古老的顺式调控元件在操纵

    蝴蝶翅膀的图案来源于一个高度保守的发展平面图,但其多样性和进化速度很快。目前尚不清楚基因调控结构如何适应深层同源性和适应性变化。为了解决这个问题,来自Science的一项新研究描述了蝴蝶中颜色模式基因WntA的顺式调控进化。

    2022年10月24日
  • JGG|中科院水生所解析3D基因组重塑对裸鲤摄食偏好适应性的调控机制

    该研究结合Hi-C和RNA-seq,比较了斜口裸鲤和花斑裸鲤肝脏组织全基因组染色质的相互作用,鉴定出9个与脂质代谢相关的差异表达基因。

    2022年09月30日
  • PNAS | 西北农林科技大学揭示维持哺乳动物干细胞多能性的关键超级增强子

    该研究为理解哺乳动物多能性调控机制提供了新见解,为进一步提高多能性干细胞建系效率和促进大动物多能性干细胞的应用奠定了基础。

    2022年09月29日
  • 文献解读 | 利用ATAC-seq挖掘调控窦房结发育和功能的关键增强子

    对PCs和RACMs的ATAC-seq比较分析发现,PCs中的差异染色质开放区域在体内具有组织特异性增强子功能,包括一个进化保守的增强子,它可调控PCs Isl1基因的转录,是正常SAN发育功能所需的。

    2022年08月29日
  • 文献解读 | ATAC-seq用于变异检测——揭示洞穴鱼适应性演化分子机制

    5月12日,美国Stowers医学研究所Nicolas Rohner团队在Nature Genetics上发表题为“Genome-wide analysis of cis-regulatory changes underlying metabolic adaptation of cavefish”的研究论文,该论文结合ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq技术从转录调控层面探究了洞穴鱼代谢适应性演化机制。

    2022年07月20日
  • 文献解读 | 应用染色质空间互作解析重要功能突变遗传效应

    连锁分析 (linkage analysis)、GwAS (genome-wide association studies) 和进化选择(selection sweep)已被广泛用于发现与生物表型/人类疾病变异相关的单核苷酸多态性(SNP)基因座。然而,上述技术所获得的关联位点大都位于基因组非编码区,且其常与数百万碱基(Mb)之外的基因相互作用,而非物理位置临近的基因,导致深入解析疾病/表型遗传机制受阻。

    2022年06月21日
  • 文献解读 | STAG2在黑色素瘤中通过染色质三维空间构象重塑调控干扰素信号

    2022年4月6日,美国哈佛大学皮肤生物研究中心(Cutaneous Biology ResearchCenter)郑斌教授团队在Nature Communications上发表题为“STAG2 regulates interferon signaling in melanoma via enhancer loop reprogramming"的研究论文,该文通过表观多组学整合分析揭示了 STAG2在黑色素瘤中的3D基因组调控模式。

    2022年04月18日
  • 单细胞m6A测序,仿佛看到新流量密码!

    近年来,RNA修饰介导的基因表达调控是目前表观遗传研究领域的热点之一,而m6A RNA修饰又是其中最为主流的研究方向。杜克大学Kate Meyer课题组最近在Molecular Cell上发表了关于单细胞m6A测序的文章《scDART-seq reveals distinct m6A signatures and mRNA methylation heterogeneity in single cells 》

    2022年04月12日
  • 华中农业大学赵书红、李新云领导的动物遗传育种团队在猪调控元件鉴定方面取得新进展

    赵书红教授与李新云教授团队绘制了目前涵盖品种信息和组织类型最广的猪基因组启动子、增强子、开放染色质区域及三维基因组精细图谱,大规模鉴定了顺式调控元件及调控区突变位点,揭示了影响猪表型变异的潜在调控机理,为应用功能SNP位点提升猪基因组育种效率奠定了基础。

    2022年03月29日
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