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文献解读G影学堂FGB
  • Sci Adv | 上海交大卞迁/代杰文团队合作揭示颅颌面软骨发育过程中增强子的动态调控规律

    该研究以关键转录因子Sox9位点为模型探究了发育过程中增强子使用的偏好性,发现染色质拓扑结构的差异可以导致活性相似的Sox9远端增强子在神经嵴来源的下颌软骨和中胚层来源的四肢软骨中行使不同的调控功能,这一发现是对现有增强子调控理论的重要补充,并为理解颅颌面发育缺陷的遗传学机制提供了线索。

    2022年11月29日
  • NAR|华中农大左波团队揭示lncMREF与Smarca5/p300复合体互作促进成肌分化和肌肉再生的新机制

    该研究揭示了一种肌肉再生过程中lncRNA介导的时空特异性调控机制,为深入解析肌肉生长发育调控网络提供了新的理论依据。

    2022年11月28日
  • MBE | 西北农林科技大学王小龙等团队揭示野羊向家山羊的基因渗入帮助其快速适应高原环境

    该研究报告了西藏山羊基因组中的一个新的受选择基因PAPSS2,并通过进一步分析发现,该基因源于山羊在高原地区的一种近缘物种的基因渗入,这一远古时期的基因渗入事件帮助山羊在早期快速适应了高原严酷的自然环境。

    2022年11月19日
  • Nucleic Acids Research|华农动物遗传育种团队发布动物跨物种多组学知识库IAnimal

    该研究发布了国际规模最大的动物跨物种多组学知识库,对猪、鼠、鸡、狗等21个物种的WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq等生物多维组学数据以及文献组数据进行了统一清洗和分析,提供了灵活的数据API接口和便捷的数据挖掘工具,极大的提升了公共组学大数据的复用性,为大数据驱动的动物智能育种奠定了基础。

    2022年10月28日
  • Science|蝴蝶翅膀图案绚丽多彩?竟是古老的顺式调控元件在操纵

    蝴蝶翅膀的图案来源于一个高度保守的发展平面图,但其多样性和进化速度很快。目前尚不清楚基因调控结构如何适应深层同源性和适应性变化。为了解决这个问题,来自Science的一项新研究描述了蝴蝶中颜色模式基因WntA的顺式调控进化。

    2022年10月24日
  • JGG|中科院水生所解析3D基因组重塑对裸鲤摄食偏好适应性的调控机制

    该研究结合Hi-C和RNA-seq,比较了斜口裸鲤和花斑裸鲤肝脏组织全基因组染色质的相互作用,鉴定出9个与脂质代谢相关的差异表达基因。

    2022年09月30日
  • PNAS | 西北农林科技大学揭示维持哺乳动物干细胞多能性的关键超级增强子

    该研究为理解哺乳动物多能性调控机制提供了新见解,为进一步提高多能性干细胞建系效率和促进大动物多能性干细胞的应用奠定了基础。

    2022年09月29日
  • 文献解读 | 利用ATAC-seq挖掘调控窦房结发育和功能的关键增强子

    对PCs和RACMs的ATAC-seq比较分析发现,PCs中的差异染色质开放区域在体内具有组织特异性增强子功能,包括一个进化保守的增强子,它可调控PCs Isl1基因的转录,是正常SAN发育功能所需的。

    2022年08月29日
  • 文献解读 | ATAC-seq用于变异检测——揭示洞穴鱼适应性演化分子机制

    5月12日,美国Stowers医学研究所Nicolas Rohner团队在Nature Genetics上发表题为“Genome-wide analysis of cis-regulatory changes underlying metabolic adaptation of cavefish”的研究论文,该论文结合ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq技术从转录调控层面探究了洞穴鱼代谢适应性演化机制。

    2022年07月20日
  • 文献解读 | 应用染色质空间互作解析重要功能突变遗传效应

    连锁分析 (linkage analysis)、GwAS (genome-wide association studies) 和进化选择(selection sweep)已被广泛用于发现与生物表型/人类疾病变异相关的单核苷酸多态性(SNP)基因座。然而,上述技术所获得的关联位点大都位于基因组非编码区,且其常与数百万碱基(Mb)之外的基因相互作用,而非物理位置临近的基因,导致深入解析疾病/表型遗传机制受阻。

    2022年06月21日
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