ChIP-seq

一、产品简介

染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术，普遍应用于基因组转录因子结合特征、组蛋白修饰特征等研究。该技术与二代测序相结合形成了ChIP-seq技术，后者广泛应用于动物、植物和人类功能基因组研究，揭示特定蛋白与基因组DNA互作关系，解析基因表达调控规律。

二、服务流程

1. 适用多种组织、细胞样品：新鲜、冰冻组织均可，各种细胞均可。

2. 样品低起始量：组织样品最低为1g/样，细胞最低为5×107个 /样。

3. 数据质量高：FRiP、TSS富集分析等质控结果达到ENCODE计划标准。

2020年11月，美国西北大学Hongbo Yang等在《Nature》杂志发表斑马鱼基因组调控元件研究结果。研究通过H3K4me3、H3K27ac两个因子ChIP-seq数据鉴定出斑马鱼基因组启动子和增强子元件；通过H3K9me3、H3K9me2两个因子ChIP-seq数据鉴定出斑马鱼基因组异染色质区域。另外，研究还通过多组学整合分析，对斑马鱼基因组进行了全面注释。

图3.斑马鱼全基因组调控元件鉴定

文献： A map of cis-regulatory elements and 3D genome structures in zebrafish, 2020, Nature

2020年2月，华中农业大学Zhou等在《Cell death & Disease》杂志发表miRNA调控成肌细胞增殖分化研究结果。研究通过整合miRNA测序、转录因子ChIP-seq及ATAC-seq等数据，解析了miRNA在成肌细胞增殖分化过程中的表达调控规律。结果发现在成肌细胞分化过程中，miRNA表达受染色质开放状态调控。

上图：整合多组学数据解析成肌细胞增殖分化过程中miRNA表达调控分子机理

文献： Chromatin accessibility is associated with the changed expression of miRNAs that target members of the Hippo pathway during myoblast differentiation, 2020, Cell death & disease

1. 样品类型及样品量

新鲜组织、冻存组织、新鲜细胞、冻存细胞与IP富集DNA样品都可以；其它类型样品请详询。

细胞样品最低 5×107个/样；组织样品最低1g/样；IP富集DNA样品最低10ng/样。

2. 采样注意事项

（1）重复性控制：采样要尽量保证时间、部位、性别、年龄等条件一致。

（2）避免交叉污染：采样过程中尽量避免样品间相互污染。

3. 样品保存

（1）组织样品：动物处死后30分钟内，完成组织采集，组织简单剪碎后装入2ml冻存管，液氮速冻，速冻至少2小时，然后转入-80℃冰箱保存。采样尽量保持低温，操作要迅速，避免样品降解（具体细节请详询）。

（2）细胞样品：1%甲醛固定（具体细节请详询）。