ATAC-seq是通过在活细胞或速冻组织中添加Tn5转座酶,对细胞核内的开放的核染色质区域进行切割,再结合高通量测序技术来研究染色质的可进入性。该技术能在全基因组水平鉴定染色质开放区域。
CUT&Tag是原位研究蛋白-DNA互作的新技术,通过Protein G/A-tn5与基因组上特定蛋白结合,实现定点切割与测序接头插入,通过测序获得蛋白-DNA互作信息。该技术能在一定程度上替代ChIP-seq。
ChIP-seq是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术,可在全基因组范围内全面分析蛋白与DNA之间的相互作用,普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。
Hi-C是用于研究基因组三维空间结构的新技术,能清楚地解析染色质A/B疆域、TAD、loop等三维远程互作信息,通过与ChIP-seq、ATAC-seq等表观数据联合分析,能解析出调控元件及其远程互作。
HiChIP和ChIA-PET都是研究特定蛋白介导的基因组三维结构新技术。其技术原理是在细胞核进行原位酶切和连接,再结合ChIP实验实现对特定蛋白介导的基因组远程互作进行精细捕获,都具有很高分辨率。
Capture Hi-C技术是在Hi-C文库的基础上增加了一个特定探针捕获的过程。其原理是针对目标区域,设计探针,然后再利用探针从常规Hi-C文库中捕获目的片段进行测序,该技术的好处是能解析特定区域的远程互作。
GRID-seq是一种全基因组范围内分析DNA-RNA相互作用的新方法,通过该技术研究,能够在全基因组水平鉴定参与转录调控的RNA,并能在全基因组水平解析lncRNA的功能。
DNA甲基化是发生在碱基序列上的一种化学修饰,甲基化能在不改变DNA序列的情况下,影响基因的表达。通过重亚硫酸盐处理,再结合通量测序手段可以鉴定出基因组甲基化位点。