潜在限制

虽然CUT&Tag技术优势很多，但研究人员发现其还存在一些应用限制，如∶

1.针对与DNA的结合较弱或短暂，或与染色质间接结合的低表达转录因子，染色质交联和超声处理是检测蛋白质-DNA相互作用
的必要步骤。

2.大多数ChIP验证的抗体都是在交联条件下验证的，在非交联条件下可能效果不佳，因为交联条件下的蛋白质表位可用性可能
与非交联条件下不同。因此，从ChIP转换到CUT&Tag需要确定抗体在未固定条件下的特异性和敏感性。3.由于CUT&Tag文库制备流程与ChIP-seq显著不同，其结果与ChIP-seq联合分析时需要考虑两者的差异。

4.CUT&Tag中使用的Tn5转座薛对开放梁色质区域有较高的亲和力。因此，CUT&Tag可能更适用于分析组蛋白修饰或与活跃转
录区域相关的转录因子，而不太适合于分析基因组中沉默或含有异染色质的区域。

5.消化时间和pA-Tn5的数量需要针对每个目标蛋白优化，以避免非特异性的标签化（Tagmentation）。