该研究结合了长读长单倍型基因组组装数据和公共数据库的基因组和表型数据,通过创新VNTR基因分型方法,联用关联分析和精细定位筛选到58个影响复杂性状的VNTRs,其中18个还会调控附近基因的表达或剪接。
该研究通过对海拔3400一4300米的8个青藏高原黄牛群体的父系、母系和核基因组水平进行系统评估,发现青藏高原黄牛群体内部遗传多样性非常高,至少可分为5个高度分化的群体,表明青藏高原拥有丰富的地方黄牛遗传资源,具有极大的挖掘潜力。
2024年05月29日
研究表明高脂饲料喂养会导致下丘脑整个基因组的组蛋白修饰、DNA甲基化和染色质可及性失调。与长期喂养高脂饲料相比,短期喂养更明显地扰乱了表观遗传景观,并且以细胞类型特异性的方式对染色质可及性造成了失调。本研究强调了高脂饲料喂养对下丘脑表观遗传景观的深远影响,这种改变与肥胖症及其相关并发症的病理生理学的相关性仍有待确定。
2024年05月20日
该研究基于全球1060头猪(Sus scrofa)的全基因组重测序数据,涵盖了101种不同品种,旨在深入了解猪的结构变异(SVs)对复杂表型的影响。研究人员利用全基因组序列数据,构建了一份全面的结构变异图谱,占猪基因组的9.6%,鉴定了42,487个缺失,37,913个移动元素插入,3308个复制,1664个倒置以及45,184个断裂端,本研究呈现出了猪基因组的多样性。
2024年05月13日
该研究以绵羊作为动物模型进行“低海拔-高海拔”转移试验,利用高通量测序技术构建了高原转移前和转移后适应过程中的4个时间点(7天、14天、21天和8个月)的19种组织的转录组(RNA-Seq, scRNA-Seq)和表观组学(ATAC-Seq)图谱;同时通过整合全基因组重测序(WGS)、染色质构象捕获(Hi-C)和20种测量表型数据揭示了母代和子代短期高原适应的动态转录调控机制。
2024年05月11日
研究团队利用阿尔茨海默病测序计划(ADSP)的WGS数据,通过GWAS定位到5个基因组区域中与AD显著相关的17个变异。研究结果将有助于更好地理解AD的发病机制,并确定AD药物治疗的潜在新靶点。
2024年04月28日
本研究系统分析了FLS早期蛋鸡肝脏3D基因组构象和H3K27ac图谱的变化,揭示了其影响转录重编程的潜在机制。这些发现拓宽了对早期FLS发病机制的认识,并表明叶酸可通过营养预防途径缓解蛋鸡FLS。
该研究不仅系统的解析了猪骨骼肌和脂肪组织eRNA对产肉相关性状的重要调控功能,通过eRNA介导的基因调控网络构建为猪产肉相关性状的遗传改良提供了理论基础和分子靶点,更是提供了一种结合高通量增强子功能变异检测和多组学数据构建调控网络的方法。结合目前大量存在的RNA-Seq,eQTL和GWAS公共数据,该方法为畜牧动物和人类复杂性状的遗传机制解析提供了一套新的解决方法。
2024年04月10日
该研究提供了一个系统表观基因组进化图谱,并为理解影响牛、绵羊和山羊复杂性状的进化机制奠定了基础。
2024年04月09日
随着长读长测序技术及相关计算方法的进步,SV已成为当前研究物种适应性演化重点关注的遗传变异类型,特别是在图结构泛基因组的框架下。SV根据变异的类型和剂量变化可被归为包括缺失,插入,重复在内的拷贝数变异、倒位、移位、及一些嵌套的复杂结构变化。
2024年03月23日